国連大学本部は、学長室および管理事務部門と学術サービス部門から構成されており、ボン（ドイツ）にある副学長欧州事務所、ニューヨークの国連本部事務所、パリのユネスコ本部事務所およびクアラルンプールの事務局とが協力して調整を行っています。本部は学長の任務である、企画、調整、サポート、管理および国連大学全体の活動の財務活動を支援しています。

学長室

学長室は国連大学の学術・管理両面の最高責任者である学長のすべての任務をサポートしています。国連大学システムの運営管理および調整を補佐し、統治と全般的な方針の策定に関し、総合的に支援することも含まれます。学長が各国政府、国連、国内外の組織、研究機関や大学、資金拠出機関、NGOそして一般の人々とつながりを持つためのサポートも行います。学長室には2名の副学長も含まれます。

国連大学副学長欧州事務所

ボン（ドイツ）にある国連大学副学長欧州事務所（UNU-ViE）は、ヨーロッパにおける国連大学の活動を強化するために、2007年5月に東京の学長室の外部に設置された最初の副学長事務所です。UNU-ViEは地球規模の課題に対して知識集約型の持続可能な解決策を創出し、サステイナビリティに関する一連の国際的な科学政策の対話を主宰しています。

国連大学国連本部事務所

国連大学国連本部事務所（UNU-ONY）は政策への参加、プロジェクトのパートナーシップ、学界および政界とのつながり、アウトリーチ、コミュニケーション活動のために、国連大学と国連事務局、国連代表部、学界、財団、NGO、企業との橋渡し役となっています。

国連大学ユネスコ本部事務所

国連大学に関係のあるすべての分野で、ユネスコの主要な活動を観察し、そのさまざまな部門と連絡を取ることで、ユネスコとその代表部および国連大学とその研究機関との橋渡しの役割を果たしています。国連大学ユネスコ本部事務所は国連大学の最新の活動をユネスコへ紹介する他、協力の促進、情報の発信、後方支援の提供を行います。