学長は国連大学の学術・管理両面での最高責任者であり、同大学のすべての方針策定、管理運営、統治、プログラムに責任を持っています。学長は国連事務次長の地位を有しています。

国連大学理事会は大学の指針および運営方針を統治する策定に対し、また予算やワーク・プログラムの選考や承認に対しても責任を持ちます。

同大学は12カ国にわたる13の研究所やプログラムで構成されており、各研究所のそれぞれにディレクター、諮問委員会、スタッフをおいています。

国連の機関のひとつとして、同大学は他の国連機関、プログラム、委員会、基金、国際条約履行補佐の事務局と緊密な連携をとっている。