国連大学の歴史は1969年、当時のウ・タント国連事務総長がその年の年次総会で、「真に国際的な性格を有し、国連憲章が定める平和と進歩のための諸目的に合致した国際連合大学」の設立を提案したことに始まりました。

国連総会はこのような大学の実現可能性を検討するため、ユネスコと緊密に協力して調査を行う専門家委員会を任命しました。委員会は1972年9月に国連経済社会理事会に報告書を提出し、その年の12月に国連総会は国連大学の設立を認め、世界初の国際的な大学の設立が正式に認められたのです。その後、設立委員会が大学憲章と決議案を提出し、1973年12月に国連総会において採択されました。

東京の本部施設および 寄付基金設立に向けて寄付金1億ドルが日本政府の好意により提供され、1975年9月、国連大学は研究活動をスタートすることができました。

1974年、初代国連大学理事会および学長のジェイムス・M・ヘスター博士が任命され、1975年1月20日に正式な就任式が東京の暫定本部施設で行われました。ここで、国連大学のプログラムの当初の重点分野である、世界の飢餓・自然資源・人間と社会開発の骨組みが作られたのです。これらの重点分野はその後40年余りを経て、現在国連大学が追求している以下の3つの研究テーマに再構成されました。

1. 平和とガバナンス
2. 世界の社会経済的開発、インクルージョン
3. 環境、気候とエネルギー

1975年に大学として正式に活動を開始した国連大学は、世界の学術機関との提携を拡大することで、国際的な大学としての役割を果たせるよう努めてきました。スジャトモコ博士が第２代学長を務めていた1985年3月、フィンランドのヘルシンキに国連大学初の研究・トレーニング機関、国連大学世界開発経済研究所（UNU-WIDER）が創設されました。

それ以後、研究所やプログラムは12カ国に拡大し、提携機関も増えました。

コンラッド・オスターヴァルダー前学長任期中には、国連大学に修士号・博士号の授与機能を持たせるべく、国連大学憲章改正を含む必要な手続きが進められました。2010年9月には国連大学サステイナビリティと平和研究所（UNU-ISP）による最初の学位プログラムが始まり、2012年7月、初の修士号授与が行われました。

国連大学では、国際社会が直面する喫緊の課題に取り組むための真の国際的な視野と知識を持つ優秀な研究者や大学院生を集めるべく、今後も国連大学システムにおけるグローバルネットワークの拡張と大学院プログラムの充実を図ります。