国連大学本部 ー 東京は、大学活動の企画、立案、管理の本部事務局として活動しています。学長室と、グローバルな国連大学システムの活動を支える管理事務部門および学術サービス部門から構成されています。

• 学長室（副学長２名を含む）は、国連大学の学術・管理両面の最高責任者である学長の任務をサポートし、国連大学システムの運営管理および調整を補佐します。また、国連大学システムのガバナンスと政策開発に関し、総合的に支援し、大学法務も担っています。
• 管理・財務サービス部門は、国連大学の活動の全体的な支援を行います。
• キャンパス・コンピューティング・センターは、国連大学の情報通信技術資源をネットワークのインフラを管理しています。
• ライブラリー、アーカイブ、レジストリー部門は、図書館サービス、情報、アーカイブの管理や記録を行っています。
• 東京のコミュニケーション・オフィス（広報部）は、広報活動を取りまとめ、コミュニケーションに関するサービス（デザインと制作、編集、ウェブサイト開発とコンテンツ管理）および音声映像関連の製作を担当しています。