施設管理部は国連大学本部ビルおよび設備の運営と保守を担当し、大学施設内での職員や学生、訪問者の安全確保に努めています。

現在の国連大学本部の建物は、建築家の丹下健三氏が設計しました。1992年6月30日に日本政府による引き渡し式が行なわれ、翌月全機能の移転が完了しました。翌1993年2月17日には国連大学ビルの正式な開所式が行なわれ、当時のブトロス・ブトロス＝ガーリ国連事務総長も出席しました。