国連大学はその分散型の配置により、真に学際的で地球規模の視点から活動を行うことができます。世界の13カ国に設置された研究所とプログラムで構成されている大学は、国連大学の提携機関と多数の協力機関、世界中の研究者そして学者のネットワークに支援されています。国連大学は、先進国と開発途上国の連携に特に重点を置いています。

国連大学システムは、国連大学本部によって調整が行われています。学長は学術・管理両面の最高責任者であり、国連大学理事会が運営委員会の役割を果たしています。